臧继全介绍，实行药房托管几年来，二级以下医疗机构药价普遍让利6%-10%；9家三级医院实施药房托管的一年中，托管中心将药品分为廉价药、议价药以及竞价药，特别保护廉价药品，惠民让利4000万元。
但这一模式实际上还是“以药养医”，三甲医院药品收入要占其全部收入一半左右——而这已被新医改叫停。
今年7月底出台的《江苏省深化医药卫生体制改革的实施意见》明确，要将公立医院的补偿由服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道，改为服务收费和财政补助两个渠道。
如果取消药品加成，仅南京市鼓楼医院一年所需要的补助就是5个亿，南京全市需要20多亿，整个江苏省所需的补偿金额是80多亿元。如何筹措这笔巨款，江苏省还在加紧研究方案，这也是目前全国施行医改的最大难题。
南京市卫生局纪委副书记张利民认为，补偿问题不解决，药房托管模式就有存在的价值。而以省为单位实行集中采购，也需要一段时间的准备。
比如各地的药品目录还不够统一。《全省集中采购目录》(征求意见稿)显示，在国家基本药物制度规定的307种之外，由江苏各地级市上报所需的药品种类和规格，品规已达7432种。江苏省卫生厅医用材料集中采购管理办公室的人士称，还在对上述目录作进一步的修订，将随省基本药物制度实施方案一同发布。
南京市卫生局改革办主任臧继全表示，药房托管终究是一种“过渡模式”，它将随着新医改的推进而逐步终结。