“全国240多个地市，每年要招标240多次，而全年有效工作日才220多天。天天招标，药品生产企业疲于奔命，环节多，成本高，不规范问题多，没有达到制度设计的初衷。”在2008年初的一次会议上，中纪委驻卫生部纪检组组长李熙说。
此次新医改中建立的国家基本药物制度，明确提出必须以省为单位来进行招标采购。
此外，中介机构(电子商务平台)所收取的费用是招标总额的2%-6%，国家规定意在压缩药品流通环节的利润，更多地让给患者。但南京市医院协会人士认为，“建一个集中采购平台要投入上千万，外包给中介机构更符合市场化做法”。
江苏省可能采用折衷的办法来解决问题。江苏省卫生厅办公室的人士透露，省里打算采用政府购买的方式，把各地现有“海虹”系统加以改造和整合。
利益链条消解
新医改也宣告了南京药房托管模式背后利益链条的消解。
南京市实行药房托管后，通过公开遴选，只确定了一家医药经营企业(南京医药股份有限公司)，该公司按约定支付一定比例分成给医院。
“规定不得超过40%，一般都控制在35%左右”，南京市一家三级医院经管办的人士说，中标的医药经营企业，把35%作为提成返还给医院，这等于把医药经营企业与医院的利益关系公开化。
同时，集中采购，购买方力量增强，在一定程度上压缩流通环节利润。反过来，药品生产商和经营商，免除了“贿赂医生开药”的成本，药品也有一定降价空间。