不少市民认为，缴费期限过长，而退休后还要继续掏钱参保也不尽合理。
“在深圳流动性这么大的城市，除了公务员外，谁能保证自己从参加工作以来25年不失业，不换工作？如果退休后还要继续缴纳医保费用，有限的退休金岂不更加捉襟见肘？”
深圳大学劳动法和社会保障法研究所所长翟玉娟计算，以深圳月均养老保险金2850元为基础，如果缴费年限从15年延迟到25年，参保人将为此多支付39330元费用。
按照医疗保险基金运作应该以支定收、收支平衡、略有结余的原则，翟玉娟认为，在深圳医保基金仍有大量结余的情况下，没必要再增加参保人的负担。
针对市民的质疑，6月15日，深圳市社会保险基金管理局发言人通过媒体释疑，市民不存在多缴费的情况，过去在深圳按月领取养老保险的退休人员并非不用缴纳医保费用，而是由养老保险基金代为支出这笔费用。但2011年7月1日开始施行的《中华人民共和国社会保险法》明确规定，养老保险基金不能再代缴医保费，如果由医保基金为退休人员代缴这笔费用，那医保基金未来就有可能“收不抵支”，深圳必须考虑基金收支平衡问题，因此，提高缴费年限是迟早的事。
为何把缴费期限定为25年？深圳社保局方面表示，这是基于中国医疗保险研究会的研究报告，全国的医保缴费期限都有延长的趋势。对此翟玉娟并不认同，她提出，中国医疗保险研究会的主管部门是国家人力资源和社会保障部，不够中立。而据她了解，国内一些地方的缴费年限实际上都有缩短的趋势。
市民关注的另一焦点则是，对连续缴费年限的规定。依据办法修订稿，参保人在医疗保险年度内累计中断参保超过3个月，自重新参保之月起重新计算其连续参保年限。对此条款，深圳市社保局方面的解释是，这是为了规避有些人生病才参保的道德风险。
深圳大学法学院的赵明昕认为，这条规定非常，还不如保险公司的商业保险人性化。赵明昕告诉记者，在商业保险中还存在着有利于参保人的“合同中止和复效”条款，当合同的某些条件无法满足而失去效力后，在两年的中止期限内，投保人如果重新具备缴纳保险费的能力并且愿意补交保费，合同效力会恢复。而根据办法修改稿的规定，参保人一旦中断参保超过3个月，合同就被中断且不能恢复，对那些已经支付了长时间保费但由于失业等原因短时间无法缴纳保费的参保人来说，这显然极不公平。