自新农合工作开展以来，巴州区就将其纳入各级党政的重要议事日程，作为一项重大民生工程来抓，精心组织、明确目标、强化措施、落实责任，确保了有序有效健康稳步推进。全区参合农民由2006年的77.5万人，发展到2011年的102.7万人;参合率由2006年的72.4%，提高到2011年的95.9%
“我父亲是一个胃癌患者，去年在成都某医院住院后区合管中心给我们报了3万元，今年他又住了几次院，总共花了10多万，合管中心已累计为我们报了5.8万元。国家给我们的补偿越来越多了，大大减轻了家庭的经济压力，新农合制度真好。”在区合管中心报账的李某感慨地说。为确保新农合制度更多惠及参合农民，巴州区立足区情实际，不断调整和完善报销补偿方案。在报销比例上合理调整和提高，将国家基本药物全部纳入新农合补偿范围，并提高5个百分点的报费比例;扩大了特殊慢性疾病病种，2011年达到15种;报费封顶线有了大幅度的提高，2011年达到70000元;对五保户、孤儿在辖区内各级定点医疗机构不设起付线，对五保户、孤儿、残疾人在辖区内各级定点医疗机构住院治疗提高5个百分点的补偿比例;对恶性肿瘤病人放化疗、尿毒症病人血液透析、重性精神病人在本市内公立二级及以上的新农合定点医疗机构和精神病专科医院发生的门诊医药费用可按住院标准予以报销;对0-14周岁的农村参合儿童患白血病实行医疗保障试点，实行最高限额12万元的限额补偿;对实施白内障复明手术的参合农民按每只眼睛500元的标准补助;自2011年起开展了门诊统筹试点，门诊基金在总筹资额中按每人每年57元提取，其中32元用于门诊统筹，25元进入家庭账户。1-10月，全区共补偿住院49450人次，补偿总额8345万元;门诊补偿631527人次(含一般诊疗)，补偿总额1802万元;特殊门诊补偿827人次，补偿总额39.11万元。