肠结核起病缓慢，早期症状不明显，可仅有消化不良症状，患者常伴有活动性肠外结核，其临床表现可被遮盖而被忽略。在急性进展期则有不同程度的发热、盗汗、腹痛、腹泻、体力减弱、消瘦及苍白等症状，易误诊为原发病(如肺结核等)的恶化。因此，活动性肠外结核病例，如出现明显消化道症状，应考虑肠结核存在的可能性。排便2～4次不等，粪便呈糊样，或水样，通常无肉眼可见的粘液、脓或血液，不伴里急后重。但在病变严重、范围广泛的患者，腹泻次数则可增多，甚至每日达10余次，可有恶臭，有时糊便出现粘液、脓液，血便少见。此外间有便秘，大便呈羊粪状，隔数日再有腹泻，腹泻与便秘交替，在过去常被强调是本病的临床特征，实际上系肠功能紊乱的一种表现，也可见于其他肠道器质性病变，如大肠癌。
腹泻前常有右下腹隐钝痛，伴上腹脐周牵涉痛，有时腹痛在进餐时诱发，便后有不同程度的缓解。并发肠梗阻时，有腹绞痛，常位于右下腹，伴腹胀、肠鸣音亢进、肠型与蠕动波。当溃疡型肠结核合并局限性腹膜炎，同时有肠系膜淋巴结核及粘连时，腹部除有揉面感外，在右下腹可触及质地中等的包块。患者常有结核病毒血症，表现为午后低热、不规则热、弛张热或稽留热，伴有盗汗。患者倦怠、消瘦、苍白，随病程发展可出现维生素缺乏、脂肪肝、营养不良性水肿等表现。
